Осенью и зимой 1901 года генерал Френч неуклонно придерживался системы зачистки определённых районов — по одному за операцию, и пытался, используя систему блокгаузов и диспозицию своих сил, удержать в строгом карантине те части территории, которые все ещё кишели мятежниками. Действуя таким способом, к ноябрю он сумел зажать активные силы врага на крайнем северо-востоке и к юго-западу от полуострова. Маловероятно, чтобы численность всей бурской армии, три четверти которой составляли колониальные мятежники, превышала пятнадцать сотен человек. Когда мы узнаем, что в этот период войны они были неважно вооружены, и что многие из них передвигались на ослах, невозможно поверить, даже делая скидку на пассивную помощь фермеров и труднопроходимость территории, что преследование всегда осуществлялось с должным энтузиазмом и энергией.

На северо-востоке Мибург, Вессельс и свирепый Фуше имели почти полную свободу в течение нескольких месяцев, тогда как в средней части блуждающие банды все больше окружали и оттесняли, пока они не оказались к западу от главной железнодорожной магистрали. Здесь, в дистрикте Кальвиния несколько банд в октябре 1901 года объединились под командованием Марица, Лоува, Смита и Тэрона. Их объединённые отряды вторглись в богатые окрестности Пикетберха и Малмесбери, двигаясь на юг, пока их политическим сторонникам в Парле не начало казаться, что на самом деле разгорелось то восстание, пламя которого они так старательно раздували. Однажды их патрули оказались у самого Кейптауна. Однако их продвижение было остановлено небольшим отрядом улан и войсками дистрикта, к концу октября Мариц, верховодивший в этом районе, повернул в северном направлении и 29-го числа захватил небольшой британский конвой, оказавшийся у него на пути. В самом начале ноября он вернулся и атаковал Пикетберх, но был отбит с некоторыми потерями. С этого момента непрерывный натиск с юга и востока отбрасывал эти банды все дальше, на многие сотни миль, в огромные голые пустоши запада, до тех пор, пока в следующем апреле они не докатились до Намакваленда.

9-го октября, во вторую годовщину ультиматума, руки военных были развязаны введением военного положения в Кейптауне и во всех морских портах. Таким образом были эффективно заблокированы все возможные источники снабжения противника и перекрыта возможность набора рекрутов. Что все это не было сделано ещё два года назад, является свидетельством того, насколько местные политические соображения могут перевесить насущные требования имперской политики. Тем временем проходили заседания военных трибуналов и выносились приговоры — от самых мягких до трагических, которые заставляли мятежников осознать, что опасности не кончались на поле боя. Казнь Лоттера и его лейтенантов стала явным признаком того, что терпение многострадальной империи наконец истощилось.

Молодой бурский лидер Шиперс долгое время был бельмом на глазу для британцев. В течение долгих месяцев он терзал южные дистрикты и отличался как активностью своего движения, так и бесстрашной дерзостью некоторых операций. В начале октября из-за серьёзной болезни, приковавшей его к постели, Шиперс оказался в пределах досягаемости британцев. Когда он поправился, то предстал перед судом, обвинённый в нарушении военных законов и в убийстве нескольких туземцев. По приговору суда лидер мятежников в декабре был казнён. Своей отвагой и молодостью — а ему было только двадцать три года — он вызывал симпатию, но ведь мы обещали защищать туземцев, и если тот, кто так жестоко с ними обращался, смог бы избежать наказания, то исчезло бы всякое доверие к нашим обещаниям и вера в справедливость. То что британское возмездие не было неразборчивым, было доказано в случае с Критцингером, который являлся главнокомандующим буров в Капской колонии. 15 декабря при попытке пересечь железную дорогу у Гановер-Роуд Критцингер был ранен и попал в плен. Он предстал перед судом; его участь зависела от того, насколько велика была его ответственность за злостные деяния подчинённых. Было доказано, что командующий пытался удержать их в рамках ведения цивилизованной войны, и оправдательный приговор был принят с поздравлениями и рукопожатиями.

В течение последних двух месяцев 1901 года была введена новая схема командования в кампании в Капской колонии, которая заключалась в том, что Колониальные войска и войска дистриктов непосредственно подчинялись Колониальным офицерам и Колониальному правительству. Необходимость таких изменений назрела давно, и результаты оправдали изменения. Беспрестанное преследование, бесконечные трудности и постоянно ухудшающаяся ситуация, даже при отсутствии серьёзных боестолкновений, измотали бурские отряды. Крупные отряды превратились в мелкие, а мелкие исчезли. Лишь объединёнными силами нескольких отрядов, становилось возможно успешное осуществление операции более серьёзной, чем простое разграбление фермы.

Такое объединение произошло в начале февраля 1902 года, когда Смэтс, Малан и несколько других бурских командиров проявили высокую активность на территории в окрестностях Кальвинии. В состав их коммандо, по-видимому, входила часть ветеранов-республиканцев с севера, которые были более крепким боевым материалом, чем новобранцы — колониальные мятежники. Случилось так, что несколько опасно слабых британских частей действовали в это время неподалёку, и лишь благодаря поистине великолепным действиям войск удалось избежать серьёзного несчастья. Два различных боя, каждый из которых был достаточно тяжёлым, произошли в один и тот же день, и в обоих случаях бурам удалось собрать на поле боя численно превосходящие силы.

В первом бою части полковника Дорана с огромными потерями сумели выбраться из чрезвычайно опасной ситуации. Отряд, под командованием Дорана, численность которого и без того составляла всего 350 человек с двумя орудиями, был разделён на две части, и группа в 150 человек отправилась для проведения обыска на удалённой ферме. Оставшиеся две сотни бойцов под командованием капитана Сондерса 5 февраля расположились с орудиями и конвоем в местечке под названием Мидделпос, находящемся приблизительно в пятидесяти милях к юго-западу от Кальвинии. Это были солдаты из 11-го, 23-го и 24-го полков имперской территориальной конницы и частей капской полиции. Разведка буров действовала великолепно, чего, впрочем, и следовало ожидать на территории, усеянной фермами. Оставленный в Мидделпосе отряд был незамедлительно атакован коммандо Смэтса. Единственное, что оставалось Сондерсу, это оставить обоз, эвакуировать лагерь и сконцентрировать усилия на сохранении орудий. В ночи ярко полыхали горящие фургоны, повсюду раздавались ужасные крики пьяных мятежников, бродивших среди захваченных грузов. На рассвете маленький британский отряд был яростно атакован со всех сторон, но держался так, что это сделало бы честь любым войскам. Столь часто становившиеся объектом критики йомены сражались подобно ветеранам. Обороняемая позиция была несколько растянутой, и лишь в самых уязвимых её точках находились горстки людей. Оборона одной из высот, с которой необходимо было увести орудия, была поручена лейтенантам Тейбору и Чичестеру а также одиннадцати имперским йоменам, получившим приказ: «Стоять насмерть!». Этот приказ был выполнен с необычайным героизмом. После того как буры все же взяли высоту, оказалось, что оба офицера убиты, а девять из одиннадцати солдат лежат на земле. Несмотря на потерю этой позиции, бой продолжался; вскоре после полудня вернулся Доран с патрульной группой, но ситуация продолжала оставаться исключительно опасной — потери были тяжёлыми, а численность буров все возрастала. Был дан приказ начать немедленное отступление, и небольшой отряд через десять изнурительных дней благополучно достиг железнодорожной линии. Раненые были оставлены на милость Смэтса, который обошёлся с ними по-рыцарски гуманно.

Приблизительно в то же самое время коммандо Малана атаковал конвой, следовавший из Бофор-Уэста во Фрейзербург. Охрана, состоявшая из шестидесяти колониальных конных пехотинцев и ста солдат из состава полка западнойоркширской милиции, была рассеяна после некоторого сопротивления, в ходе которого погиб командир майор Крофтон. Буры уничтожили фургоны, но отступили после подхода отряда Крэбба, за которым следовали группы Каппера и Лунда. Общие потери британцев в этих двух боях составили двадцать три человека убитыми и шестьдесят пять ранеными.

Восстановление закона и порядка с каждой неделей становилось все более заметным в тех юго-западных дистриктах, которые в течение длительного времени слыли самыми неспокойными. Полковник Креве в этом регионе и полковник Лукин на другом фланге фронта, действуя исключительно силами Колониальных войск, отбрасывали мятежников все дальше и дальше, удерживая с помощью хорошо организованной системы обороны дистриктов то, что они уже завоевали. К концу февраля войск противника уже не было к югу от Бофор-Уэста и Клануильямской линии. Этого удалось достичь благодаря трудным переходам и не частым, но тяжёлым боям. Небольшие подразделения под командованием Крэбба, Каппера, Уиндхэма, Никэлла и Лунда пребывали в постоянном движении, результаты которого были не особенно заметны, но у них в тылу постоянно расширялась территория восстановленного спокойствия. В столкновении 20 февраля был убит популярный бурский командир судья Хьюго и захвачен печально известный мятежник Ванхерден. В конце этого месяца спокойное продвижение войск Фуше на северо-восток было, наконец, прервано, он был выбит из этого района в среднюю часть, где и нашёл прибежище остаткам своего коммандо в горах Камдебу. Солдаты Малана уже укрывались в той же естественной крепости. Малан был ранен во время перестрелки под Сомерсет-Истом и захвачен за несколько дней до общей бурской капитуляции. Фуше сдался в Крадоке 2 июня.

Последним эпизодом этой неудовлетворительной и вялотекущей кампании на Капском полуострове явился рейд, совершенный трансваальским лидером Смэтсом в район Порт-Ноллота в Намакваленде, хорошо известном своими медными шахтами. Была сооружена небольшая железная дорога от побережья до этого места, конечным пунктом которой стал город Окип. Протяжённость линии приблизительно семьдесят миль. Трудно понять, что именно буры рассчитывали захватить в этом отдалённом уголке театра войны, разве только у них возникла идея овладеть самим Порт-Ноллотом и таким образом восстановить связь со своими союзниками. В конце марта бурские всадники неожиданно появились из пустыни и, двинувшись на британские посты, предложили гарнизону Окипа сдаться. Полковник Шелтон, командовавший небольшим подразделением, ответил решительным отказом, но он был не в состоянии обеспечить защиту железнодорожной линии, которая была разрушена, равно как и блокгаузы, возведённые для её охраны. Население прилегающих территорий стеклось в Окип, и коменданту пришлось заботиться о шести тысячах человек. Врагу удалось захватить небольшой пост Спрингбук и шахтёрский центр Конкордия, не оказавший сопротивления. Последний предоставил им столь необходимый запас оружия, боеприпасов и динамита, который использовался бурами в качестве ручных бомб и оказался очень эффективным оружием при нападении на блокгаузы. Применяя взрывчатку, буры смогли прорвать несколько линий британских оборонительных сооружений и нанести значительный ущерб гарнизону, но в течение месячной блокады, несмотря на несколько попыток, они так и не смогли взять хрупкие укрепления, защищавшие город. В конце войны, как и в самом её начале, вновь была продемонстрирована беспомощность голландских стрелков против британской обороны. Части подкрепления под командованием полковника Купера вышли из Порт-Ноллота и двинулись вдоль железной дороги, вынудив Смэтса на первой неделе мая снять блокаду. Сразу же после этого пришло сообщение о мирных переговорах, и бурский генерал смог войти в Порт-Ноллот, откуда морем его переправили в Кейптаун и далее на север, чтобы он смог принять участие в конференции соотечественников. Генерал Смэтс прошёл всю войну, не запятнав своей чести, и можно надеяться, что этот ещё молодой человек, имеющий опыт как в военной области, так и в сфере дипломатии, может теперь рассчитывать на продолжительную и блестящую карьеру гораздо более высокого уровня.